Lễ tri ân người hiến xác - Macchabée

Hàng năm, trường đều tổ chức lễ tri ân người hiến xác cho trường hay còn gọi là lễ Macchabée, đây cũng là dịp để sinh viên năm nhất chia sẻ với thân nhân người hiến xác. Các xác được hiến sau khi được xử lý sẽ được sử dụng với mục đích nghiên cứu hoặc cho sinh viên thực tập phẫu tích và học giải phẫu trên xác thật. Tại đây, các thi hài đã được khâu lại cẩn thận vết giải phẫu, phủ khăn trắng, choàng chuỗi hoa, xếp thẳng hàng. Trước đó sinh viên đã kết đèn, hoa trang trí căn phòng học thường ngày trở nên trang nghiêm. Đồng thời Bộ môn Giải phẫu đã gửi thiệp mời thân nhân những người hiến xác cho khoa học tham dự buổi lễ.

Bài hát truyền thống

Bài hát truyền thống của trường là bài "Hành khúc Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch[2]":

Từ khắp phương trời ta về đây chung vui ngày hội sen trắngCùng với cô thầy ngồi bên nhau nhắc kỷ niệm xưaNgày nào còn học chung một lớp, lời cô thầy như đang còn đóHành khúc ơi trong tim tôi sánh bước cùng ta.Từ mái trường này đào tạo nên bao nhiêu thế hệ áo trắngHiệp với cô thầy cùng chăm lo sức khỏe nhân dânNgày từng ngày học bao điều mới, ngày từng ngày tương lai ngời sángTrường lớp ơi ta bay cao ra cùng biển khơi.Điệp khúc 1:Ôi tự hào Đại học Y Khoa PHẠM NGỌC THẠCHTa lên đường vì mơ ước bao nhiêu trẻ thơDẫu khó khăn nhưng lòng ta tin yêu cuộc sốngĐóa sen ơi dù tự do vấn vương trời cao.Điệp khúc 2:Ta lên đường vì lòng yêu thương bao con ngườiTa lên đường vì hạnh phúc ước mơ màu xanhÁo trắng ơi cho niềm tin dâng trào cuộc sốngSẽ sáng lên và rực rỡ mãi muôn đời sau...Bài hát được sử dụng trong các buổi lễ của trường.